元科組織架構：

頂端為董事會，下來為總經理，分支是專業顧問群，總經理控管「行政管理」、「專業技術」、「業務研發」三大公司命脈；
「行政管理」由公司經理管理，下來由各副理管理人事、文書、出納、財務、會計、總務、資訊；
「專業技術」由公司技術副總經理／經理管理，接著由副理、各專案計畫經／副理管理各計畫工程師群，專案計畫包含:工程、水污、空污、溫室、環管、廢毒等；
「業務研發」由公司業務副總經理管理業務開發。